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O PPGD Unimar conta também como Programa de Pós-Doutorado, disponível para candidatos que tenham título de doutor obtido ou reconhecido no Brasil. O pós-doutorado tem como objetivo o desenvolvimento de projetos de pesquisa relacionados com a área de concentração e as linhas de pesquisa do PPGD, sendo oportunidade para o aprofundamento das pesquisas e o desenvolvimento de atividades acadêmicas junto aos programas de Mestrado e Doutorado.
O Programa de Pós-Doutorado conta com bolsa de estudos oferecida pela CAPES pelo Programa Nacional de Pós-Doutorado (PNPD), sendo a mesma atribuída ao candidato aprovado em processo seletivo, conforme editais divulgados pela secretaria do PPGD. Conforme Portaria CAPES 086/2003, o valor da bolsa é de R$ 4.100,00 (quatro mil e cem reais). Após a aprovação no processo seletivo, o estágio pós-doutoral, com a concessão da bolsa, terá prazo de 12 meses, podendo ser renovado por 24 meses, até o limite máximo de 60 meses.